Het goudvisje Ponyo – een soort oranje spookje met rode haren – ontsnapt uit de onderzeeër van haar vogelverschrikker-achtige vader en belandt in het emmertje van het eenzame, 5-jarig jongetje Sosuke. Het is liefde op het eerste gezicht, zo zeer dat Ponyo besluit mens te worden. Maar als het visje dankzij wat magische druppeltjes eenmaal handen en voeten heeft, is het natuurlijk evenwicht verstoord. Een tsunami is het gevolg, het einde van de planeet lijkt nabij.