In 1991 regisseerde Jan Verheyen zijn eerste film Boys waarna hij door Island Pictures naar Los Angeles gesommeerd werd voor de regie van de erotische thriller The Little Death (1995). Het werd een ontnuchterende ervaring, maar Verheyen nam revanche met Alles Moet Weg, een eigenzinnige road-movie naar de gelijknamige roman van Tom Lanoye met in de hoofdrollen Peter Van den Begin, Stany Crets, Bart De Pauw en Jaak Van Assche. Verheyen regisseerde in 2000 de succesfilm Team Spirit, een remake van de Nederlandse hit ‘All Stars’, die zich met ruim 350.000 bezoekers in de Top 10 van de meest succesrijke Vlaamse films nestelde.

In 2002 bracht Verheyen zijn volgende langspeelfilm uit : Alias, een thriller met Geert Hunaerts en revelatie Hilde De Baerdemaeker in de hoofdrollen. Meteen na de release van Alias regisseerde hij twee afleveringen van 'Team Spirit - De Serie', een zesdelige televisiereeks die in het voorjaar van 2003 een kijkcijfersucces werd op VTM. In de zomer van 2003 stond Verheyen opnieuw achter de camera : na de film en de serie volgt Team Spirit 2, een bioscoopsequel geschreven door Dimitri Leue en Verheyen. Team Spirit 2 veroverde de Vlaamse bioscopen vanaf 10 december 2003 en zou met 375.000 bezoekers zelfs het succes van zijn voorganger evenaren.

In februari 2005 komt dan ‘Volle Gas’ (in Nederland : ‘Vet Hard’) in de zalen, een actiekomedie van Tim Oliehoek naar een scenario van Verheyen (met Wijo Koek en Jean-Claude Van Rijckeghem als co-scenaristen) gebaseerd op de Deense film ‘Old Men in New Cars’. Al in de zomer van 2005 staat hij opnieuw als regisseur op de set van Buitenspel. Gebaseerd op het Nederlandse ‘In Oranje’ is het al de vierde film die Verheyen maakt met producent Dirk Impens. In de cast o.a. Filip Peeters, Joke Devynck en de revelatie Ilya Van Malderghem. Buitenspel komt in de zalen met kerst 2005 en is opnieuw een hit : de film lokt ruim 230.000 bezoekers.

In april 2007 draaide Verheyen voor Eyeworks België de pilootfilm en twee afleveringen van de prestigieuze dramareeks Vermist voor VT4. Vermist werd bij zijn bioscooprelease eind oktober via Kinepolis Film Distribution een groot succes : met net geen 210.000 bezoekers was Vermist één van de topfilms van het najaar en de vijfde Verheyen-film op rij die meer dan 100.000 bezoekers naar de bioscoop lokte, een record. In oktober 2007 begon Verheyen al aan zijn volgende langspeelfilm, Los, een verfilming van het bekroonde boek van Tom Naegels met Pepijn Caudron, Sana Mouziane, Jaak Van Assche, Koen De Graeve en Sofie Van Moll. De film ging op 11 september 2008 in première en klopte af op ruim 90.000 bezoekers. Los werd geselecteerd voor filmfestivals in o.a. Montréal, Cairo (waar hij twee prijzen won), München, Utrecht, Mons, en San José.

Eind mei 2009 startte Verheyen met de opnames van zijn 10de langspeelfilm : Dossier K., de langverwachte opvolger van Erik Van Looy’s De Zaak Alzheimer. Dossier K. met o.a. Koen De Bouw, Werner De Smedt, Hilde De Baerdemaeker, Filip Peeters en Jappe Claes ging op 3 december 2009 in wereldpremière.

Jan Verheyen stond ook in voor de regie van F.C. De Kampioenen 2, een film die een gigantisch succes werd op het einde van 2015.  Maar ook voor de opvolgers : de nummertjes 3 én 4...