Mutant X gaat over de avonturen van een team menselijke mutanten die na genetische manipulatie over buitengewone krachten beschikken. Samen met honderden andere nietsvermoedende personen werden deze New Mutants genetisch gewijzigd tijdens geheime experimenten in opdracht van de overheid. De organisatie die hen heeft gecreëerd, beseft dat alles uit de hand is gelopen en maakt nu jacht op hen om ze 'uit de handel te nemen'. De missie van Mutant X is hun lotgenoten op te sporen, hen te helpen met zichzelf in het reine te komen en hen te beschermen tegen hun makers.