Het verhaal situeert zich tussen Star Wars Episode II: Attack of the Clones en Star Wars Episode III: Revenge of the Sith. Terwijl de galactische Kloonoorlogen in volle gang zijn, vechten de heroïsche Jediridders om orde en vrede te handhaven. Meer en meer zonnestelsels vallen ten prooi aan de krachten
van de Duistere Kant en de Galactische Republiek kreunt onder het juk van de Separatisten en hun onuitputtelijke droïdenleger. Anakin Skywalker en zijn nieuwe Padawan leerling Ahsoka Tano storten zich in een gevaarlijke missie om de ontvoerde zoon van misdaadkoning Jabba the Hutt te redden. Een levensbelangrijke missie die verkeerd dreigt af te lopen als ze stuiten op de vijandig gezinde Graaf Dooku en General Grievous en de genadeloze huurmoordenares Asajj Ventress hen op de hielen zit. Intussen
voeren Obi-Wan Kenobi, Meester Yoda en Mace Windu aan de frontlinies het enorme Kloonleger aan, in een dappere poging om het droïdenleger te verslaan en de krachten van de Duistere Kant te weerstaan.