Mary Queen of Scots werpt het licht op het turbulente leven van de charismatische Mary Stuart. Als koningin van Frankrijk op haar 16e en weduwe op haar 18e, weigert Mary opnieuw te huwen. Hoewel haar zus, koningin Elizabeth I, ondertussen het roer van Schotland en Engeland heeft overgenomen, keert Mary terug naar Schotland, haar thuisland. Vastberaden om de troon op te eisen, zijn beide jonge koninginnen rivalen in de liefde en strijden ze om het land in een patriarchale wereld. Intriges, rebellie en samenzweringen belagen beide koninkrijken en veranderen de koers van de geschiedenis.