De Templeton broers Tim en zijn Boss Baby broertje Ted zijn volwassen geworden en uit elkaar gegroeid. Tim is nu een getrouwde huisvader, Ted is de directeur van een bedrijf. Maar een nieuwe boss baby met een vooruitstrevende aanpak en een positieve attitude staat op het punt om ze weer bij elkaar te brengen ... en een nieuw familiebedrijf te inspireren.

Tim en zijn vrouw, Carol, de kostwinner van de familie, wonen in de buitenwijken met hun superslimme 7-jarige dochter Tabitha, en schattige nieuwe baby Tina. Tabitha, die de beste van haar klas is in het prestigieuze Acorn Center voor gevorderde kinderen, idoliseert haar oom Ted en wil net als hij worden, maar Tim, die nog steeds in contact staat met zijn overactieve jeugdige verbeelding, maakt zich zorgen dat ze te hard werkt en een normale jeugd misloopt.

Wanneer baby Tina onthult dat ze een top geheim agente is voor BabyCorp op een missie om de duistere geheimen achter Tabitha's school en zijn mysterieuze stichter, Dr. Edwin Armstrong te onthullen, zal het de Templeton broers op onverwachte manieren herenigen, hen leiden om de betekenis van familie te herwaarderen en te leren wat echt belangrijk is in het leven.