In Cowboys volgen we vader Troy en zijn jonge zoon Joe tijdens een trektocht in het ruige Montana. De twee blijken op de vlucht en hopen de Canadese grens te halen. Waaraan proberen ze te ontsnappen? Politieagente Faith wordt door Joe’s moeder Sally ingeschakeld als die aangifte doet van de ontvoering van haar zoon door haar labiele ex-man. Joe blijkt echter gevlucht met zijn vader om te ontsnappen aan zijn leven als meisje. Troy probeert zijn transgenderkind te beschermen tegen de intolerante Sally, maar kampt zelf met psychische problemen en ontbeert de broodnodige medicatie. Faith komt ze op het spoor en zet de achtervolging in.