Annie is gebaseerd op ‘Little Orphan Annie’, een strip over
een jong, roodharig meisje, Annie, wiens droom het is om een beter leven op te bouwen buiten de muren van het weeshuis.
Het kleine charismatische weesmeisje Annie haar geluk kan niet op wanneer biljonair Oliver Warbucks op bezoek komt in het weeshuis en besluit één van de kinderen voor een korte tijd een warme thuis te geven. Al gauw charmeert Annie hem met haar warme karakter en samen starten ze de zoektocht naar haar ouders. Maar dat is zonder de tegenstribbeling van Miss Hannigan gerekend, het hoofd van het weeshuis.
Zij doet er alles aan om Annie bij zich te houden.