Jaren geleden woedde er een kolossale strijd tussen het Team Zenith aangevoerd door Kapitein Zoom (Tim Allen), en hun gevreesde tegenstander Concussion. Zoom schakelde uiteindelijk Concussion uit, maar niet voordat zijn hele team omgekomen was door Concussions supersone explosies. Toen de militaire macht ontdekte dat Kapitein Zoom al zijn middelen ingezet had om zijn vijand te verslaan, was hij van geen nut meer voor hen en werd hij opnieuw gewoon Jack Shepard. Nu zien de meesterbreinen achter het oude Zenith Programma, Generaal Larraby (Rip Torn) en Dr. Grant (Chevy Chase), zich genoodzaakt terug samen te werken nadat ze verontrustende signalen opgevangen hebben die erop wijzen dat het mensdom weer bedreigd wordt. Hun enige hoop is het Zenith Programma opnieuw te activeren. Marsha Holloway (Courteney Cox) die latente bovennatuurlijke krachten bestudeert, vindt vier jongelui (Spencer Breslin, Kate Mara, Ryan Newman en Michael Cassidy) die het potentieel bezitten om superhelden te worden. Maar het onwillige viertal heeft iemand nodig om hun te
leren hoe ze de wereld kunnen redden ? en snel ? en die taak kan slechts ??n man aan: Jack
Shepard.