Night at the Museum: Kahmunrah Rises Again gaat over het kattenkwaad dat elke avond plaatsvindt in het American Museum of Natural History als de zon ondergaat. Nick Daley's studentenjob als nachtwaker in het museum is een uitdagende job voor een middelbare scholier, maar hij treedt in de voetsporen van zijn vader en is vastbesloten hem niet teleur te stellen. Gelukkig is hij bekend met het oude tablet van het museum dat alles tot leven brengt als de zon ondergaat en hij is blij zijn oude vrienden, waaronder Jedediah, Octavius en Sacagawea, terug te zien. Maar wanneer de maniakale heerser Kahmunrah weet te ontsnappen met het plan om de oude Egyptische onderwereld te openen en het Dodenleger te bevrijden, moet Nick alles op alles zetten om deze machtswellusteling tegen te houden en het museum voorgoed te redden.