In Nanny McPhee, de kinderjuffrouw met magische krachten, verschijnt wanneer ze het hardst nodig is en het minst verwacht wordt, in deze sequel.

Deze keer verschijnt ze voor de deur van een gekwelde jonge moeder, Isabel Green (Maggie Gyllenhaal), die de familieboerderij draaiende probeert te houden terwijl haar man naar de oorlog is. Maar zodra ze aankomt, ontdekt Nanny McPhee dat de kinderen van mevrouw Green een eigen oorlog aan het uitvechten zijn tegen twee verwende neven uit de stad die bij hen ingetrokken zijn en weigeren weg te gaan.

Met de hulp van een tot leven gekomen standbeeld, een biggetje dat in bomen klimt en een babyolifantje dat op de vreemdste plaatsen opduikt, en met behulp van een vliegende motorfiets en haar magische krachten, probeert Nanny McPhee haar ondeugende beschermelingen vijf nieuwe lessen te leren.