Zijn ouders hadden de Amerikaanse nationaliteit, zelf studeerde Joe MacDonald mijnbouw aan de USC (University of Southern California). Begin de jaren ’20 ging hij aan de slag als assistent-cameraman. Begin de jaren ’40 studeerde hij af als volwaardig cinematographer/cameraman. Snel werd duidelijk dat hij een uitstekend vakman was voor zowel zwart/wit- als kleurenfilms. Joseph MacDonald was ook heel bedreven in de belichting bij binnenopnames en het camerawerk bij buitenopnames.

Hij wordt soms ook vermeld als Joe MacDonald of Joseph P. MacDoanld en die P. staat voor Patrick.